La red de desagües principales tiene una longitud de más de 3000 km. Riegos del Alto Aragón mediante una encomienda de gestión con la Confederación Hidrográfica del Ebro se encarga de la limpieza y mantenimiento de dichos desagües. Complementariamente a las labores de limpieza de dichos desagües se lleva a cabo una reutilización de agua que circula por los mismos. Dicha reutilización puede llevarse a cabo de dos forma:
- Mediante las denominadas captaciones definitivas, que son aquellas que se llevan a cabo para la toma permanente de agua
- Mediante captaciones provisionales, las cuales se autorizan únicamente los años de sequía, se llevan a cabo mediante infraestructuras de toma ligeras y provisionales y deben ser retiradas en el año.
Además del aprovechamiento del agua, Riegos del Alto Aragón lleva a cabo un trabajo de autocontrol de la contaminación por nitratos y fosfatos del agua que circula por sus desagües, a tal fin cuenta con cinco estaciones de aforo con medidores de caudal y calidad en continuo.